甘薯盐胁迫诱导IbDEAD1基因的克隆、生物信息学及表达分析

DEAD-box解旋酶是植物中最大的解旋酶家族,不仅在几乎所有涉及DNA/RNA代谢的细胞过程中发挥关键作用,而且还广泛参与植物生长发育与胁迫响应过程.目前,甘薯中有关DEAD-box基因的功能研究尚未见报道.本研究以耐盐性品种徐薯22与盐敏感性品种徐薯32为研究材料,通过RNA-seq及生物信息学分析,首次从甘薯中筛选出一个受盐胁迫诱导的DEAD-box基因,命名为IbDEAD1.根据转录组分析的测序结果设计引物,从徐薯22中克隆出该基因的全长序列(GenBank登录号:MF043568).序列分析表明,IbDEAD1基因包含一个1 701bp的开放阅读框,编码566个氨基酸.序列分析显示IbDEAD1蛋白具有一个DEAD-box蛋白典型的解旋酶中心和多个磷酸化位点,且为DEAD-box RNA解旋酶.系统进化树及qRT-PCR分析均表明,IbDEAD1基因可能在甘薯盐胁迫响应过程中发挥重要作用.这些结果为进一步研究IbDEAD1基因在甘薯盐胁迫响应中的功能奠定了基础.

江苏省自然科学基金资助项目(BK20160215); 江苏省高校自然科学基金资助项目(16KJB210004); 江苏师范大学博士科研启动项目(15XLR030);

甘薯; DEAD-box解旋酶; 生物信息学; 表达分析;

Q943.2;S531

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