(整期定稿)网络首发时间:2019-11-11 11:38:20

转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257 975条Unigene,检测到64 148个SSR位点,分布于51 336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。通过试验优化获得最优的两步荧光引物PCR扩增体系。加M13接头PCR扩增体系:10μL PCR体系中含DNA原液1μL,2×Mix 5μL,10μM引物各0.1μL,灭菌超纯水3.8μL;荧光引物PCR扩增体系:20μL PCR体系中含第一步扩增产物DNA原液2μL,2×Mix 10μL,10μM M13接头及反向引物各0.15μL,灭菌超纯水7.7μL。利用已筛选的100对荧光SSR引物对8个不同种接骨木个体进行SSR扩增,80对可扩增出条带,有效扩增率为80%,25对可成功扩增出多态性,多态性比率为31.25%,从25对具有多态性引物中选择14对多态性较好的引物对不同种接骨木进行遗传多样性分析,14对多态性引物共检测出67个等位基因(Na),每位点3~7个,平均等位基因4.786个;每位点有效等位基因数(Ne)1.684~6.095个,平均有效等位基因数3.413个,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)分别在0~0.875和0.406~0.836之间,平均值分别为0.313、0.664;Shannon多样性指数(I)在0.736~1.862之间,平均1.310。不同种接骨木具有较高的遗传多样性,25对具有多态性荧光SSR标记开发可为接骨木分子标记辅助育种、杂种优势预测等提供理论基础。

山东省农业重大关键技术“耐盐碱林木及经济作物品种选育及示范推广”(2015ZDJS03003); 山东省农业良种工程“高抗逆药用接骨木新品种选育与示范”(2016LZGC017); 山东省林业科技创新项目“接骨木、元宝枫种质资源创新与高值化利用”(LYCX05-2018-24);

西洋接骨木; 转录组; SSR; 荧光标记;

10.14067/j.cnki.1673-923x.2019.12.016

S567.19

中国知网独家网络首发,未经许可,禁止转载、摘编。

31123-129+14781464K
在线咨询 用户反馈