基于体细胞突变数据库筛选免疫原性结直肠癌高频新抗原的方法

秦丽丽^1,2李毅坚¹梁兆端¹陈蕾¹李文慧¹陈超^1,3,4黄亚灵¹张乐^1,3,4刘松明^1,3,4邱思^1,4葛玉萍¹彭文婷^1,3林欣欣^1,4张秀清^1,4董旋¹李波^1,4

1. 深圳华大生命科学研究院 2. 大理大学基础医学院 3. 中国科学院大学华大教育中心 4. 武汉华大吉诺因生物科技有限公司

摘要：结直肠癌是世界高发和高致死率的恶性肿瘤。靶向新抗原的免疫治疗已被证实可以诱导癌症患者肿瘤持续消退,但这些特异性新抗原,仅适用于个体精准治疗。随着大量的高频肿瘤基因突变被发现,这些与突变相关的高频新抗原可覆盖更多人群,具有较强的临床意义。然而目前结直肠癌中是否也存在高频新抗原仍不清楚。本研究利用来源于321个结直肠癌患者的体细胞突变数据库,联合1种标准过滤和7种预测算法,筛选并获得了25个基于中国人高频分型HLA-A*1101限制性的高频新抗原,它们均具有高亲和力(IC₅₀<50 nmol/L)和高呈递分值（>0.90）;其中,除了阳性对照多肽KRAS_G12V8-16外,11个高频新抗原能够在体外诱导细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte, CTL）分泌γ干扰素（interferon gamma, IFN-γ）,证实具有免疫原性。选取免疫原性最强的新抗原C1orf170_S418G413-421及阳性对照多肽KRAS_G12V8-16体外刺激T细胞,利用流式细胞分选及单细胞转录组测序技术,获得其特异性CTL的免疫组库信息,所构建的TCR-T（T-cell receptor engineered T cell）能够识别新抗原并分泌细胞因子。以上结果表明,本研究开发了一种利用体细胞数据库预测并体外筛选验证具有免疫原性高频新抗原的方法,为结直肠癌及其他癌种的多肽、DC（dendriticcells）疫苗、TCR-like抗体、TCR-T等免疫治疗提供了重要的多肽靶点和TCR信息,具有实际的临床应用价值。

关键词：

结直肠癌; 高频; 新抗原; 呈递;

基金资助：

国家自然科学基金项目（编号：81702826）；深圳市科技创新委员会项目（编号：JCYJ20170303151334808,JCYJ20170817150015170）资助~~；